导致这次墨西哥和美国等发生疫情的病毒为Ａ型流感病毒，Ｈ１Ｎ１亚型猪流感病毒毒株，该毒株包含有猪流感、禽流感和人流感三种流感病毒的基因片断，是一种新型猪流感病毒，可以人传染人。 世卫组织多次表明，虽然这种新型病毒是由猪流感病毒演变而来，但到目前为止这种病毒只是使人患病，还没有发现猪被感染的病例。

流感病毒有三种类型：甲型（A型）流感病毒感染哺乳动物以及鸟类；乙型（B型）流感病毒只感染人类，疾病的产生通常较甲型病毒温和；丙型（C型）流感病毒只感染人类，并不会引起严重的疾病。