DNA测序的方法有很多种。目前最常见的是双脱氧终止法了。在测序用的缓冲液中含有四种dNTP及聚合酶。测序时分成四个反应，每个反应除上述成分外分别加入2，3-双脱氧的A，C，G，T核苷三磷酸（称为ddATP，ddCTP，ddGTP，ddTTP），然后进行聚合反应。在第一个反应物中，ddATP会随机地代替dATP参加反应一旦ddATP加入了新合成的DNA链，由于其3位的羟基变成了氢，所以不能继续延伸。所以第一个反应中所产生的DNA链都是到A就终止了； 同理第二个反应产生的都是以C结尾的； 第三个反应的都以G结尾，第四个反应的都以T结尾，电泳后就可以读出序列了。也许这样说你不一定明白。举一个例子，假如有一个DNA，互补序列是GATCCGAT，我们试着做一下：

在第一个反应中由于含有dNTP+ddATP，所以遇到G，T，C三个碱基时没什么问题，但遇到A时，掺入的可能是dATP或ddATP，比如已合成到G，下一个如果参与反应的是ddATP则终止，产生一个仅有2个核苷酸的序列： GA，否则继续延伸，可以产生序列GATCCG，又到了下一个A了。同样有两种情况，如果是ddATP掺入，则产生的序列是GATCCGA，延伸终止，否则可以继续延伸，产生GATCCGAT。

所以在第一个反应系统中产生的都是以A结尾的片段：

GA，GATCCGA，

同理在第二个反应中产生的都是以C结尾的片段：

GATC，GATCC，

在第三个反应中产生的都是以G结尾的片段：

G，GATCCG

在第四个反应中产生的都是以T结尾的片段：

GAT，GATCCGAT，

电泳时按分子量大小排列，A反应的片段长度为2，7； C反应的为4，5； G反应的为1，6； T反应的为3，8，四个反应的产物分别电泳，结果为

8 7 6 5 4 3 2 1

A | |

C | |

G | |

T | |

我们可以从右向左读，为GATCCGAT，至此，测序完成。