1、近交品系豚鼠目前世界上有12个。由于豚鼠妊娠期较长为68（62～72）天，一胎生得少，一般2～3只，培育一个近交品系需要20～30年，所以近交品系较少。用于医学科研的近交品系纯系2号和纯系13号。

（1）近交系2：此品系1906年引自美国农业部，在1951年11代时，Wright采用兄妹交配繁殖到1933年的33代后，改为随机交配，一直到1940年。1940年Heston继续采用兄弟交配。1950年引入美国国立卫生研究院（NIH），并分布于世界各国，其毛色为三色（黑、红、白），大部分在头部，其体重小于13系，但脾脏、肾脏和肾上腺大于13系，老龄豚鼠的胃大弯、直肠、肾脏、腹壁横纹肌、肺脏和主动脉等部都有钙质沉着，对结核杆菌抵抗力强，并具有纯合的GPL-AB.I（豚鼠主要组织相容性复合体）抗原，血清中缺乏诱发迟发超敏反应的因子，而对实验诱发自身免疫性甲状腺炎却比13系敏感。

（2）近交系13：其毛色也有三色（黑、白、红），大部分在头部，其育成历史与2系相同，所有的亚系都是从美国NIH输出的，这个品系对结核杆菌抵抗力强，性活动比2系差，体形较大，GPL-AB.1抗原与2系相同，而主要组织相容性复合体1区与2系不同，对诱发自身免疫性甲状腺炎的抵抗力比2系和Hartley远交群强，生存期一年的豚鼠其白血病自发率为7%，流产率为21%，死胎为45%，血清中缺乏诱发迟发超敏反应的因子。在已有的30多种远交群豚鼠中，使用最广泛的是Hartley品系1，它是1926年Dunkin-Hartley用英国种豚鼠繁育而成。

我国1973年曾从英国实验动物中心引进DHP远交群豚鼠，也是属于Dunkin-Hartley品系，由于饲养在Pirbright单位，而被称为DHP，引进我国后经过8代兄妹交配繁殖，又改用随机交配到现在，目前对其特性还不清楚，尚未推广使用。

2、豚鼠经过人工驯化后，分为四个变种：

（1）英国种：毛短，体分健壮，毛色有纯白、黑色、棕黑色、棕黄色、灰色等。英国种豚鼠主要有4个品种：顿金哈德莱（Dunkin Hartley）、哈德莱（Hartley）、勃莱特哈德莱（Pirbright Hartley）和短毛种（Shorthair）。

（2）安哥拉种：毛细而长，能把脸部、头部、身体覆盖住。对寒冷和潮湿特别敏感，不易饲养繁殖，雌鼠一般一胎只生一只仔鼠，而且仔鼠成活率较低。这种豚鼠不适于做实验。

（3）秘鲁种：毛细长有卷，体质较英国种差。与安哥拉种有新缘关系。

（4）阿比西尼亚种：短毛，但毛长成后似蔷薇花状的卷涡毛。这种豚鼠极易感染各种疾病，因而亦不适于用作试验。

目前我国各研究教学单位使用的豚鼠多为短毛的英国种豚鼠。不同毛色的英国种豚鼠杂交可形成不同的变种，如纯白色、黑色、棕色等，因此这些非纯种短毛豚鼠，被毛颜色是多样的，但基本是棕黄、黑、白三种颜色，可以棕黄、黑、白相同，形成不规则的斑点，称三色豚鼠，也可有二色或单色豚鼠。安哥拉种、秘鲁种、阿比西尼亚种豚鼠抵抗力较差，很容易感染疾病，均不适宜作试验，都用来作观赏动物。