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RNA芯片(图)

标签: RNA芯片

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人类染色体上基因序列测定的结果提示人类中基因的数量可能要远远小于以前的推测,也提示基因功能可能存在多样性。研究一个基因在不同的组织中的表达情况有助于了解基因功能的多样性。想研究某个基因在人体内各种组织中的表达情况,RNA芯片将是最合适的选择。

这种是真正的芯片,玻璃片基,上面点有从总共124种胎儿、成人组织(含20种肿瘤细胞株)中提取的高质量的mRNA。

只要将待检测的基因制备成探针,与RNA芯片进行一次杂交,即可得到这个基因在124种组织细胞中的表达状况。如果用不同颜色的荧光标记探针,还可以同时在同一张片上检测到两个基因(比如一个目的基因、一个作对照的管家基因)在这些相同的组织中的表达情况。

 

这样就不用像同位素检测那样需要在样品杂交后再洗脱探针、用看家基因探针重复杂交来确定实验结果的可靠性。

这种芯片和cDNA芯片的不同之处在于(以Atlas cDNA Glass Array为例):cDNA Array上每个点代表一个基因(芯片上的点数代表基因的数目,可能成千上万),实验人员将两种待检测样品(比如正常的和肿瘤组织)的总核酸制备成探针,分别与两张Array进行杂交,比较两个杂交结果,即可得到两种样品中1000多个已知基因的表达差异情况,这种差异能为我们研究样品之间的表形差异提供线索。而RNA芯片正相反,每个点代表一种组织的所有的mRNA(芯片上的点数代表组织的种类数目,不可能太多),使用时将待检测的某个(或者两个不同颜色标记的)基因片断制备成探针,与芯片杂交即可得到这个基因在100多个组织中的表达分布情况,这种信息可以帮助我们了解这个特定的基因的潜在功能,建立这个基因的表达模式,了解应该选择哪些组织以获取全长cDNA、进行原位杂交以了解更详细的空间表达信息等等。

利用RNA芯片只需要3个小时左右即可得到完整的结果,灵敏度高,即使是以往只有同位素能检测出来的低丰度的基因也能够被检测出来[例如占mRNA不到0.001%的乳铁传递蛋白(Lactoferrin)mRNA]。RNA芯片上的mRNA经过6个不同的看家基因进行严格的均质化(Normalization),足以保证根据实验结果对某个特定的mRNA存在与否及相对丰度能够得出准确的结论。

试剂盒提供了两张RNA芯片,以及全套所需试剂及RNA芯片杂交专用试剂盒(标记物除外)。对于需要用同位素检测的用户,两张片足够完成一个样本一个对照,而选用双色荧光标记检测,这个试剂盒可以检测两个样本及其对照。

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