1、基因芯片综合分析软件

ArrayVision 7.0

一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。

Arraypro 4.0

Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。

phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。

J-express

挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。

2、 基因芯片阅读图像分析软件

ScanAlyze 2.44

斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。

3、 基因芯片数据分析软件

Cluster

斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。

SAM

Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。

4．基因芯片聚类图形显示

TreeView 1.5

斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。

FreeView

是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。

5．基因芯片引物设计

Array Designer 2.00

DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。