2-DE技术依然是大多数蛋白质组研究中分离复杂蛋白质混合物的首选技术 。其制备原则：1、应使所有待分析的蛋白样品全部处于溶解状态（包括多数疏水性蛋白），且制备方法应具有可重现性。2、防止样品在聚焦时发生蛋白的聚集和沉淀。3、防止在样品制备过程中发生样品的抽提后化学修饰（如酶性或化学性降解等）。4、完全去除样品中的核酸和某些干扰蛋白。5、尽量去除起干扰作用的高丰度或无关蛋白，从而保证待研究蛋白的可检测性。

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