一、融合表达蛋白的纯化：

融合表达蛋白可以在原目标分子之外带有GST肽段或（His）6肽段，从而使得可以分别用Glutathione Sepharose凝胶或Chelating Sepharose凝胶进行亲和色谱分子，一步可以达到~90%的纯度，经过特异蛋白酶切后，再进行离子交换及高分辨凝胶过滤一般便可以达到所需的纯度（95~99%）。

二、包含体表达蛋白的纯化：

在E.coli系统表达重组蛋白，表达量高时，常形成包含体，包含体易于与细胞其他组分分离，但需要注意的是蛋白复性的步骤。一般采用盐酸胍溶解包含体蛋白后，用稀释的办法进行复性，也可以利用凝胶过滤色谱进行复性（已有多种凝胶可以促进蛋白质的复性的报道）。以下以rhGM-CSF（重组人粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子）的下游纯化工艺为例：

E.coli细胞，超声破碎，离心收集包含体，用7mol/L盐酸胍溶解包含体蛋白，作1：70稀释使蛋白复性，加硫酸铵至一定浓度后，上样于Phenyl-Sepharose 6 FF（high sub）色谱柱，活性组分再上Q-Sepharose FF进行离子交换，最后上Superdex 75 prep grade凝胶进行凝胶过滤色谱，最终获得了纯度较高的rhGM-CSF，同时，DNA及内毒素去除率均很高。如下表所示：

步骤 体积（ml）蛋白（mg）内毒素（EU/ml）DNA（pg/ml）

起始（复性样品）4344 490 421 180

HIC疏水柱 880 220 243 0.46

AIEX阴离子交换 620 88 251 0.14

GF凝胶过滤 1045 62 9 0.08

三、周质表达的蛋白的纯化：

可用渗透压休克方法，使周质释放，然后利用扩张床技术将含有菌体的悬液直接上柱（STREAmlINE系列凝胶），菌体穿过而表达的蛋白上柱。