在电泳开始的时候，SDS-PAGE 利用不连续系统，在浓缩胶中浓缩或"堆积"样品，使其成为一条非常锐利的区带。在不连续缓冲系统中，最初胶中的阴离子不同于（或不连续）电泳缓冲液中开始时的阴离子。NuPAGE系统（Bis-Tris和Tris-Acetate）和Laemmli(Tris-Glycine)系统二者均为不连续系统的例证，以相同的方式起作用。但是，作为NuPAGE系统中不同离子的结果，这个系统在一个较低的pH值下工作。

Tris-Glycine系统（图1）的情况，主要包括三种离子：

a)氯（-），由胶缓冲液提供，由于相对于系统中其它的阴离子，阳极对它具有最高的吸引，因而充当先导离子。

b)甘氨酸(-)，电泳缓冲液提供的主要的阴离子，由于在一个带电的环境中，它仅仅部分带有负电荷，并且保持在带有更高电荷的氯离子的后面，充当后随离子。

c)Tris碱（+），出现在胶和电泳缓冲液中的共同的离子，在电泳时，Tris-Glycine系统中凝胶和缓冲液的离子形成了胶分离区域的9.5的工作pH值。

图1 Tris-Glycine System

NuPAGE® Bis-Tris系统（图2）的情况，主要包括三种离子：

a)氯（-），由胶缓冲液提供，充当快速移动的先导离子。

b)MES或MOPS（-），（取决于电泳缓冲液的选择）充当后随离子。

MES: 2-(N-morpholino)ethane sulfonic acid

MOPS: 3-(N-morpholino)propane sulfonic acid

c)Bis-Tris碱（+）充当出现在胶中的共同离子，Tris（+）由电泳缓冲液提供。

合并低pH值的胶缓冲液（pH6.4）和电泳缓冲液（pH7.3-7.7）导致了电泳时显著降低的工作pH值。

图2 NuPAGE® Bis－Tris System

NuPAGE® Tris-Acetate系统（图3）的情况，主要包括三种离子：

a)Acetate（-），来自于凝胶缓冲液先导离子。

b)Tricine（-），来自于电泳缓冲液的后随离子。

c)Tris（+），共同离子（凝胶和电泳缓冲液）。

这个系统也在一个比Tris-Glycine系统显著低的pH值下运行。

下图总结了每一个系统的浓缩胶的迁移差别。

图3 NuPAGE® Tris-Acetate System

不同缓冲系统的分子量标准的精确校准

通常，SDS胶中蛋白的迁移是处于完全变性状态下蛋白长度的函数（1）。通过与已知分子量大小的蛋白标准的标准曲线比较，根据样品蛋白的相对移动来推断它的分子量。但是，当在不同的SDS-PAGE缓冲液系统进行电泳时，相同的分子量标准可能有轻微不同的迁移，因而导致明显不同的分子量差别。

二级结构的作用

使用SDS-PAGE进行分子量校准，与一个蛋白的真实的分子量（绝对的校准来自于已知的氨基酸序列）的轻微的偏离可能发生，主要是由于保留的不同程度的蛋白的二级结构，即使是存在SDS。在具有高度组织的二级结构的蛋白（例如胶原蛋白，组蛋白，或高度疏水的膜蛋白）和相对于肽总的大小，局部二级结构的效应变得扩大的多肽，这种现象变得更加普遍（2）。

pH值的影响

当相同的蛋白在不同的SDS-PAGE缓冲系统进行电泳时，也可以观察到蛋白迁移的轻微差别的发生（2）。每一个SDS PAGE 缓冲系统具有不同的pH值，这将影响蛋白的电荷量和结合SDS的能力。尽管天然蛋白迁移的改变通常很小，但是"非典型"或者化学修饰的蛋白，如预染的标准，变化很显著。

蛋白移动的例证

有例证表明，当MulitiMark® Muli-Colored 标准，在Tris-Glycine胶上电泳时，与在NuPAGE® Novex Bis-tris胶上，使用MES SDS或者 MOPS SDS电泳缓冲液比较，发生了蛋白迁移改变的情形。与Tris-Glycine系统比较，MulitiMark®标准在NuPAGE® Novex Bis-tris缓冲系统中两个肌红蛋白（myoglobin）（红和蓝）位置颠倒。这一现象可以通过应用在NuPAGE系统电泳的MulitiMark®标准再次计算值来解决。

计算和指示的分子量

当前Novex®分子量标准提供的表观分子量值来源于在Tris-Glycine SDS-PAGE系统。我们已经计算和指示了在几种电泳胶/缓冲系统中Novex® pre-stained markers 的表观分子量，包括Novex® Tricine 胶系统和NuPAGE® Novex系统。记住要使用与你的凝胶匹配的分子量，以最精确地校准你的目的蛋白。你也可以在你的实验室使用选择的缓冲系统用作Novex?标准作标准曲线。

批与批之间分子量一致性

需要记住的重要一点是，假说凝胶使用相同的缓冲系统，invitrogen生产的所有的标准，从一个批号到另一个批号，从一块胶到另一块胶，经过严格质量控制以达到的迁移一致。

参考文献

1.Rodbard,D.(1976)meth.PROTEIN se2: 145-128.paration

2.Patton,W.F.et al（1991）Anal.Biochemistry，200：25-30.

3.Wyckoff,M.et al.（1977）Anal.Biochem.78：459-482.