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通常PCR反应以后还要对产物进行酶切才能进入下一步工作。为了方便起见，我们可以将内切酶直接加入到PCR反应产物中去，而省略了纯化产物的步骤。下表归纳了在PCR产物混合物中各种限制性内切酶的酶切活性。
酶切反应条件如下：在20 µl PCR产物混合体系中加入5U的内切酶，按相应的反应温度温育1小时。通常20 µl PCR产物体系中含有1 µg底物DNA，1单位的Vent DNA聚合酶，1× ThermoPol Buffer [10 mM KCl， 20 mM Tris-HCl （PH 8.8@25℃），10 mM (NH4 )2 SO4 , 2 mM MgSO4和0.1% Triton X-100]，以及终浓度为200 µM的dNTPs。表中标记有*的内切酶在酶切反应前需加入NaCl（终浓度为100 mM）或相应的10× NEBuffer（1×终浓度）。
注意：在非最佳条件下进行酶切反应容易出现星号活性。要避免星号活性或希望取得更好的酶切效果，则需用乙醇沉淀纯化DNA，再将其溶解于相应的酶切缓冲液。此外，如果使用不纯的DNA聚合酶，会因其中混有其它核酸酶而影响整个反应结果。
+++表示完全切割；++表示约50%被完全切割；+表示约25%被完全切割。
| A | B | C | D | E | F | H | K | M | N | P | R | S | T | X |
酶 在反应物中的活性
Acc I +
Acc65 I + +
Aci I + + +
Acl I + +
Afl II + + +
Afl III + +
Age I + + +
Ahd I + +
Alu I + + +
Alw I + +
AlwN I + +
Apa I + ++
ApaL I + + +
Apo I + +
Asc I + + +
Ase I +
Ava I + + +
Ava II + +
Avr II + + +
none
BamH I + + +
Ban I + + +
Ban II + + +
Bbs I + + +
Bbv I + +
Bcg I + +
BciV I + +
Bcl I + + +
Bfa I none
Bgl I +
Bgl II + + +
Blp I + + +
Bmr I + + +
Bpm I + +
Bsa I +
BsaA I + + +
BsaB I + +
BsaH I + + +
BsaJ I + + +
BsaW I + +
BseR I + + +
Bsg I + +
BsiE I + +
BsiHKA I * + +
BsiW I + +
Bsl I + +
Bsm I + + +
BsmB I + +
BsmF I + +
BsoB I + + +
Bsp1286 I + + +
BspD I + +
BspE I * + + +
BspH I + +
BspM I none
Bsr I + + +
BsrB I + + +
BsrD I + +
BsrF I + +
BsrG I + +
BssH II + +
BssK I + +
BssS I + + +
BstB I + + +
BstE I + + +
BstN I + +
BstU I + +
BstX I + + +
BstY I + +
BstZ17 I + +
Bsu36 I + + +
Btg I + + +
Bts I + + +
Cla I + +
Dpn I (none, requires methylated substrate)
Dpn II + + +
Dra I + +
Dra III * + + +
Drd I + +
Eag I +
Ear I + + +
EcoN I + +
EcoO109 I + + +
EcoR I + +
EcoR V + + +
Fok I none
Fse I + + +
Fsp I + +
Hae III + + +
Hga I + + +
Hha I + +
Hinc II + +
Hind III + + +
Hinf I + +
HinP1 I + + +
Hpa I + + +
Hpa II + + +
Hph I + + +
Kpn I + + +
Mbo II + + +
Mfe I + +
Mlu I + +
Mly I + + +
Mnl I + + +
Msc I + +
Mse I + +
Msl I + + +
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