1、Marker选择标准

（1）应选择在目标片段大小附近ladder较密的marker，这样对目标片段大小的估计较准确。

（2）所选marker应能清楚反映目标片段的大小，且次要片段大小也能反映出来。如作酶切鉴定时，目的片段和切后载体片段最好能在同一个marker中反映出来，若二者不能兼顾，将前者作为主要考虑要素。

2、常见问题分析

Q：为什么marker条带非常模糊，无法辨别具体条带？

A：出现上述情况，可能有以下几个原因：1. marker条带出现了降解。请确保在使用过程中避免核酸酶污染；2. 电泳缓冲液陈旧。电泳缓冲液多次使用后，离子浓度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果，建议经常更换电泳缓冲液；3. 电泳条件不合适。电泳时电压应不超过20V/cm，温度应低于30℃；4. marker上样量过多。请根据说明书选用合适上样量；5. 凝胶质量不好。建议使用质量较好的琼脂糖；此外，凝胶凝固不均匀也会导致条带模糊。

Q：为什么marker条带出现不规则的条带（如哑铃状等）？

A：出现上述情况，多与以下几个原因有关：1. 电泳缓冲液陈旧。老化的电泳缓冲液离子浓度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果，建议经常更换电泳缓冲液；2. 电泳条件不合适。电泳时电压应不超过20V/cm，电压太高可能也会导致marker条带出现不规则现象。此外，凝胶质量差以及凝胶冷却时凝固不均匀也会导致该现象出现。

Q：为什么marker条带非常弱或者根本没有条带？

A：出现上述情况可能是：1. marker上样量较低，可适当增加上样量；2. 凝胶质量较差或凝胶凝固不均匀也会导致电泳条带弱或根本没有条带；3. 电泳时间过长导致marker条带跑出凝胶，可缩短电泳时间，降低电压，增加凝胶浓度。

Q：为什么marker缺带？

A：对于含有较小片段的marker，如果出现缺带现象，可能是因为：1. 小条带跑出凝胶或分子量大小非常相近的条带不易辨认所致，可适当缩短电泳时间，降低电压，同时增加凝胶浓度；2. 凝胶中EB含量过低，导致大片段结合EB量太少或没有，在紫外光下亮度太低，可适当增加EB用量。