1.从引物自身着手，重新设计引物，这是最根本解决这一问题的办法。

2.可能模板有问题，模板浓度过小，适当加大模板量。

3.Taq酶，引物，Mg²⁺浓度可能过高，可降低它们的浓度。

4.将上下引物混合后，在100℃的沸水中煮5分钟，然后迅速拿出至于冰块之上瞬时冷却，这时再加入反应体系当中，引物二聚体就会消失的。理由：引物可能会发生发夹结构，自身环化等结构，在100℃的沸水中煮5分钟可使引物变为单链，以减少二聚体。不过有人认为在PCR仪上95度变性5min也同样达到目的，而且成功试过通过延长退火时间也可以消除引物二聚体。

5.所配MIX中加5%的甘油或者5%的DMSO,可以增强特异性。

6.PCR反应体系的配制在冰上进行，最后加Taq酶，PCR结束后，产物勿放置在室温下过长时间，有人认为室温下有些Taq酶会将多余的引物合成为二聚体。

7.增加循环数。

8.降低退火温度后有条带，则应逐渐提高温度，若提高温度的同时产物量减少，则考虑增加Mg²⁺浓度（根据扩增片断长度而定，片段长则相应镁离子浓度应该高一些）。

9.若降低退火温度，发现还是只有引物二聚体，而且镁离子的浓度在20-25mmol/l没有区别，则考虑Buffer等试剂没有完全融解、混匀，导致吸取的试剂浓度不对。

10.以上次的PCR产物作模板二次PCR,可以提高引物与模板的特异性，减少引物二聚体，如果两次时间间隔短的话，可以把原产物稀释100-1000倍，如果间隔较长可以稀释50-100倍。