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Random priming

标签: 随机引物

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DNA聚合酶要进行DNA聚合反应时一定要有引子 (primer),因为它只能以引子所提供的3'-OH为起始点进行延伸 (extension) 的工作,而不能就地重新合成新的DNA (de novo synthesis)。 一般实验常以人工合成的寡核苷酸为引子进行DNA聚合反应,这时固然可以根据已知序列设计核酸引子,但也可以采用逢机引子(random primers)。 所谓逢机引子即其序列为逢机序列,不经特别设计,目前应用最广者是以自动化机器所合成的、六到八个核苷酸长的寡核苷酸混合物;反应进行中若有任何一条逢机引子结合到模版DNA,即可引导DNA聚合反应的进行。 以random priming方法进行核酸标定,是以逢机引子引导Klenow fragment(large fragment of E. coli DNA polymerase I) 进行DNA聚合反应,并在反应过程中添加 [α-32P]dNTP或DIG-11-dUTP等标定物质。 而为了避免random priming也发生于载体部份的DNA,最好不要直接以质体DNA为模版进行标定反应,而应预先将目标DNA自载体切除出来。

仪器用具:微量离心机;沸水浴及冰浴

药品试剂:

模版DNA (pBlueGus 的BamHI-HindIII DNA 片段,将由助教提供)

0.2 M EDTA, pH 8.0

4 M LiCl

Random priming kit (Roche):

Hexanucleotide mix (random primer)

dNTP mixture (1 mM dATP, 1 mM dCTP, 1 mM dGTP, 0.65 mM dTTP, 0.35

mM DIG-11-dUTP, pH 7.5)

Klenow enzyme (2 U/μL)

绝对酒精

70%酒精

TE (10 mM Tris-Cl, pH 8.0; 1 mM EDTA)

方法步骤:

◆ 以下反应条件与步骤主要参照random priming kit 制造厂商所提供的产品说明书。

1) 取100 ng 模版DNA,加入适量去离子水,把体积补足为15 μL.

2) 于沸水中加热10 min.

◆ 请记得以夹子固定微量离心管的管盖部份,以免离心管在加热过程中盖子爆开、进水!

3) 加热后,迅速把微量离心管移至冰浴中,静置数分钟。

4) 离心数秒后,依序加入下列三种试剂:

2 μL hexanucleotide mix

2 μL dNTP mixture

1 μL Klenow enzyme

5) 以指头轻弹离心管,以便混合均匀。

6) 短暂离心后,置于37℃恒温水槽中作用2 h.

◆ 反应时间至少须要1 h,最长可反应过夜。

7) 作用完毕的后,加入2 μL 的0.2 M EDTA,以便终止DNA 聚合反应。

8) 加入2.5 μL 4 M LiCl及75 μL纯酒精,混合均匀,置 -20℃过夜。

隔天:

1) 于13,000 rpm,4℃离心15 min.

2) 倒出上清液,加入50 μL 的70%酒精,再离心5 min.

3) 倒出上清液并风干DNA.

4) 最后以50 μL TE 溶解DNA.

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