1．   希望软件可以在 web 上使用。 即用户可以访问我们的网站， 输入基因代码， 即可自行在网上设计 siRNA Oligo 。

2．   可参照的软件形式： 见如下网站：

www.dharmacon.com

www.ambion.com

www.qiagen.com

3．   希望能就每一个所指定的基因找到至少四对以上可合成的双链 RNA  oligo 。

4．   软件设计中的几个关键步骤如下：

A ． 进入 Gene Bank 调出指定基因序列；

B ． 根据特定的一些规则选出一个基因片段；

C ． 再根据一些规则写出正义和反义两段各 21 个碱基的序列；

D ． 最后通过反转，替代，空格得出最后结果。

具体设计原则：

1．     在所选基因的启动子后 50-100 个碱基自 5’- 端开始

2．     寻找基因序列中的 23 个碱基， 最好是 5 ‘ -  AA （ N ₁₉ ） TT -3’   （ N 是任何碱基）

3．     如果找不到四个以上 AA （ N ₁₉ ） TT ，则用 AA （ N ₂₁ ）补足。

4．     如果 找不到四个以上 AA （ N ₂₁ ）， 则用 NA （ N ₂₁ ）补足。

5．     所选定序列中， G 和 C 的数目的总和在总数（ 23 ）的 35-55%.

6．     满足以上 1-5 项要求的片段数目如果不足四个，将 G 和 C 的数目的总和放宽至总数（ 23 ）的 30-70%.

7．     选好上述序列后，以此确定所需合成双链 RNA  oligo 的序列如下：

8．     正义序列 （ N ₁₉ ） TT 与上述选定的 23 个碱基序列中的第 3-23 个碱基相同

9．     反义 序列的 3’----5’ 的序列与目标序列中的第 1-21 个碱基互补， 即 A 变成 T ， C 变成 G ， T 变成 A ， G 变成 C 。

10． 将反义 序列 3’----5’ 改写成 5’----3’。

11． 将最后所得序列中除 3’- 末端的两个 碱基之外的所有碱基中的 T 都用 U 来替代。 最后每三个组成一个字节，中间断开。

12． 将所选定的正义 序列和反 义 序列与 gene  bank 中已知同物种的基因序列进行比较，确定其唯一性（ B LAST ）。

13． 上述 7-10 项可见如下例子：

假如通过 1-5 项的条件选出的一段 23 个碱基的序列是

5’-  AAGCTAGTCATGGCCATTGACTT   - 3’

正义序列就应该是：          5’-     GCTAGTCATGGCCATTGACTT   - 3’

反义 序列就应该是 :       3’-    TTCGATCAGTACCGGTAACTG   -5’

反转处理后即得：

正义序列：                          5’-     GCTAGTCATGGCCATTGACTT   - 3’

反义 序列：                          5’-     GTCAATGGCCATGACTAGCTT  -3’

U 替代 T 以后得到：

正义序列：                          5’-     GCUAGUCAUGGCCAUUGACTT   - 3’

反义 序列：                          5’-      GUCAAUGGCCAUGACUAGCTT  -3’

段开字节后最后得到：

正义序列：       5’-      GCU  AGU  CAU  GGC  CAU  UGA  CTT   - 3’

反义 序列：       5’-   GUC  AAU  GGC  CAU  GAC  UAG  CTT  -3’