多项乳腺癌微阵列研究结果给科学家提供了有关该病的更多遗传学信息，这将有助于今后靶向治疗药物的开发。

纽约大学癌症研究所的Julia Smith表示，研究人员正在寻找可以用在实验室鉴别早期乳腺癌、转移性乳腺癌或癌前病变的基因指纹。
例如，现在已知人乳腺癌中8p11-12染色体有改变，该染色体的微阵列分析已经鉴定出4个新基因(FIJ14299、C8orf2、BRF2和RAB11FIP)可能与乳腺癌的发展有关(Oncogene 2005，24:5235-5245)。

研究人员分析了33例原发乳腺癌、27例原发卵巢癌和27株乳腺癌细胞系。其中，24%的乳腺癌、5%的卵巢癌和15%的细胞系显示8p11-12扩增，这4个基因定位于8p11-12的最小扩增子上，2个基因具有已知癌基因的功能，所有4个基因的扩增都与过度表达强烈相关。

剑桥大学Hutchison/MRC研究中心的Edwards认为，如果能发现其他扩增的基因，诸如他们发现的许多基因中的关键基因，就可以开发出一种针对该靶点的药物或曲妥珠单抗这样的抗体。

另一项研究在乳腺癌中确定了一组54个基因，这些基因似乎可以预测是否会发生肺转移，以及一旦转移到肺脏，将会怎样对患者构成致命危险(Nature 2005，436:518-524)。

纪念Sloan-Kettering癌症中心的Gupta表示，他们在这项研究中所鉴定的基因有助于了解乳腺癌肺转移机制，了解这些基因可以使我们预测哪些患者具有肺转移的高危因素，并有助于选择合适的治疗以预防肺转移。

研究人员使用1株从经治的转移性乳腺癌患者中分离出的细胞系，当移植给小鼠时，显示癌细胞具有肺转移而不是骨转移的倾向。他们采用微阵列技术分析癌细胞，以了解其基因活力与那些没有肺转移倾向的乳腺癌细胞有何不同。

研究人员在82例早期乳腺癌中分析了这种基因指纹，带有这种基因指纹的患者有55%发生了肺转移，而原发肿瘤不携带这种基因指纹的患者只有10%发生了肺转移。

研究人员想进行更大规模病例研究，以观察这些基因是否能更加准确预测肺转移的发生，还想在转移癌临床前模型中检测联合治疗干预的有效性。Gupta表示，只有在此之后，才能谈开始联合治疗临床试验的事。

另一项利用基因微阵列技术的研究发现，超过90%的早期和晚期乳腺癌表达TRPS1蛋白，包括导管原位癌、浸润性导管癌、小叶癌和乳头状癌(Pro Natl Acad Sci USA 2005，102:11005-10)。

MD Anderson 癌症中心的Radvanyi认为，在某种程度上基因高表达意味着该基因具有重要的作用。开始这项研究的部分目的是为了发现一种用做癌症疫苗的特异靶点。Radvanyi表示，研究人员希望TRPS1就是这种靶点。

研究人员比较了54例乳腺癌标本和289例健康人标本的5万多个已知基因的蛋白浓度，乳腺癌标本中的TRPS1浓度高，而正常的乳腺组织一般为低浓度，健康人组织标本不表达该蛋白。

Radvanyi推测，这种蛋白作为GATA转录因子启动基因的转录抑制子，对细胞生长的调节起重要作用。

TRPS1具有免疫原性，能够激发抗原细胞毒T细胞的产生，还需要其他研究进一步证实这些初步发现是否能够转变成实际疫苗应用。另一种途径就是开发能阻断或模拟肿瘤中TRPS功能的小分子激动剂或拮抗剂。