骨关节与软组织疾病一般先用X线检查以发现病变，估计病变性质及范围。只有临床和X线诊断疑难时才需CT或MRI检查。有时对软组织肿块和骨骼解剖较复杂的区域如骨盆和脊柱，也可首选CT或MRI。

CT不仅能显示组织结构机横断面解剖的空间关系，而且可分辨出密度差别小的脂肪、肌肉和软骨等组织，易查出病灶，并能确定其部位、范围、形态及结构。还可行三维观察。

MRI也是检查骨关节疾病的重要手段。脂肪、纤维软骨、韧带、肌肉、肌腱和骨髓各具有不同强度的磁共振信号，在MRI上其影像有差别。但MRI显示病灶钙化、骨皮质破坏及骨膜反应不如X线平片和CT，对疾病的定性诊断与鉴别诊断有一定的困难。因此，合理应用X线平片、CT与MRI，对诊断骨关节疾病是十分重要的。