自身免疫性疾病主要特征是免疫系统在识别“自我”与“非我”时出现差错。尽管绝大多数自身免疫性T细胞在胸腺成熟过程中被调节分化后去除，但正常人体中总是带有部分自身反应性细胞。调节性T细胞是一种免疫调节细胞，它的作用是使机体能够通过调节外周免疫耐受来控制自身性疾病。人体中几种调节性细胞包括CD4+调节性T细胞、Th3细胞、Tr1细胞和CD8+调节细胞。

自然生成的调节性T细胞主要在胸腺中发育并经自身抗原刺激后在胸腺内被阳性性选择。自然形成的调节性T细胞占CD4+群体的5～10%，最早可见于T淋巴细胞发育的第一阶段。致使T细胞向调节性T细胞分化的信号是通过在胸腺基质上T细胞受体和MHCII类复合物之间的交互发生的。

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