【实验目的】
　　1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；
　　2、熟悉蛋白质基本性质分析；
　　3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；
　　4、了解蛋白质结构预测。

【实验内容】
　　1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素（adiponectin）蛋白质序列；
　　2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；
　　3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；
　　4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析；
　　5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。

【实验方法】 

1、人脂联素蛋白质序列的检索：
　　（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez）；
　　（2）在Search后的选择栏中选择protein；
　　（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；
　　（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；
　　（5）点击序列接受号NP_004788 （adiponectin precursor； adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens]）后显示序列详细信息；
　　（6）将序列转为FASTA格式保存（参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列）； 

2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：
　　打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino  Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成； 或者选择protein后，点击Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平； 

3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：
　　（1）进入NCBI/Blast网页；
　　（2）选择Protein-protein BLAST （blastp）；
　　（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；
　　（4）点击BLAST；
　　（5）查看与之同源的蛋白质；

4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：
　　（1）进入http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN网页；
　　（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏； 
　　（3）点击Scan；
　　（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）；

5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：
　　（1）进入下列蛋白结构预测服务器网址： http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html （The  PredictProtein Server）；
　　（2）在You can栏点击default；
　　（3）填写email地址和序列名称；
　　（4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit；
　　（5）从email信箱查看分析结果； 

6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：
　　（1）进入http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页；
　　（2）填写email地址、姓名和序列名称；
　　（3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；
　　（4）点击Send Request；
　　（5）从email信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。

【作业】
　　1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；
　　2、相互对比结果，说明产生不同结果的原因，总结进行上述分析所需注意的关键事项。