DGGE，CGGE及TGGE三种方法是基于相同的原理而设计的突变检测方法，它仍均是根据DNA的解链特性而设计.对于同一定序列组成或的DNA片段来说，它具有恒定的解链温度(Tm)，但若其序列发生改变时，Tm值亦发生改变，在含有变性因素(变性剂， 高温)的凝胶半进行电泳，当其比链解开形成分叉时，电泳迁移的速度就会改变.Tm值 全要取决于DNA的碱基组成，序列中出现单碱基替换时，Tm亦发生改变，电泳迁移率 亦改变，此即DGGE，CDGE及TGGE鉴定突变的技术基础.

1.变性梯度凝胶电泳(denaturing gel gradient electrophoresis，DGGE)

DGGE是检测基因突变故为精确的方法，它不仅可检测单一片段的单点突变，对多 点突变的检测亦较容易，该方法与PCR技术相结合，使其能非常快速的对大量标本进 行分析.对于一DNA片段来说，其Tm值与基碱基组或有关，当其碱基组成发生变化时，Tm 值亦改变，因此，对于突变的片段来说，若其在一变性物质线性梯度增加的凝胶上进 行电泳时，随着变性剂浓度的增加，当这种浓度达一定值时突变的DNA片段发生解链 而形成分叉，其电泳迁移速度变慢.因此突变的DNA片段与正常的DNA片段电泳的迁移 位置有差别，研究证明DGGE可检出任何粪型的单碱基取代，如果将突变型与正常的 DNA片段形成异源双链时，其敏感性大大提高.

2.恒定变性胶电泳(Constant deratarared gel electrophoresis CDGE)

CDGE是DGGE基础上发展起来的基因突变检测技术，亦是利用突变基因与正常基因 片段间Tm值的差异来检测突变的方法，该方法与DGGE的区别在于聚丙烯酰胺中的含的 变性剂浓度相当于含突变基因片段的Tm值，而且浓度恒定，而不是线性递增.为了提 高DGGE和CDGE的检测敏感性，通常在一侧引物的5'端设计一含GC的区域(GC-ClampGC 钳)，避免了DNA的完全解链，从而提高了突变的检出率，可达100%.

3.温度梯度凝胶电泳(Temperature gradient gel electrophoresis TGGE)

该方法是将PCR扩增的产物量一中性聚丙烯酰胺凝胶上，在一温度线性梯度上升 的电场中进行电泳，当DNA双链到达其Tm时，双链解开，形成分叉，而影响电泳迁移 率，突变的扩增产物其Tm值与野先型有明显不同，因而有不同的解链区，从而造成电 泳迁移效率的差别，据此可判断检材中DNA有无突变.由于DGGE及TGGE能区分不同DNA的碱基构成， 所以也越来越多地运用到分析环境中微生物的群落结构。