在实验动物的运输过程中，由于恐惧与疼痛、饥渴、疲劳、通风不良、过度拥挤、长时间的旅程而得不到“安宁”等因素会引发动物发生应激反应。发生轻度的应激反应，动物可表现为体重下降、脱水及对疾病的抵抗力降低，严重时可影响动物的质量，甚至导致动物在运输途中衰竭死亡。

在运输的不同阶段，动物表现出的症状也不相同。初期动物在恐惧、疼痛、关禁、拥挤等应激因子的刺激下，表现不安、狂躁和敏感性增高，或畏缩、颤抖和咬包装盒（箱）等。经过一段时间逐渐适应后，动物安静下来、对环境表现出冷漠，对正常刺激不反应等。这时机体易受到疾病侵袭。如果再进一步的受到刺激可能引起体温升高、呼吸困难，出现消瘦和脱水状态，发生疾病甚至死亡。

实验室检测可以证明动物在经历了应激之后，可引起一系列的病理生理学变化。病理剖解可见肾上腺出血、胃肠粘膜出血、糜烂或溃疡。血液中肾上腺素和去甲肾上腺素浓度增加，淋巴细胞母细胞化抑制、自然杀伤细胞的细胞毒性功能降低等。在应激后期可导致肾上腺皮质功能衰竭。

防止动物应激的重要措施就是缩短运输时间，利用现代航空运输等手段将动物运输到目的地。其次，运输动物的笼具要有足够大的空间，较低的密度。允许动物舒适地站立、躺卧或转身，且能防止动物逃逸。成群动物的运愉应有让其自由活动的空间。长距离和长时间运输时，要注意防寒和降温措施。

另外在订购实验动物时，要考虑动物运输过程中体重的消耗，一般大小鼠经过运输体重消耗都在10%左右，如果运输时间长、路途远、包装密度大体重消耗可能达到15%左右；豚鼠在运输过程中体重的消耗为20%左右，也与运输的距离、时间长短、包装密度有直接关系。