基因芯片目前最主要的有三种：表达谱芯片，SNP检测芯片和致病菌检测芯片。

表达谱芯片主要用于研究病变（或处理过的）组织与正常组织之间的基因差异表达。得到相关的差异表达基因，从而对差异表达基因进行进一步的研究。主要应用与疾病研究，药物筛选等。这类基因芯片将一个物种（主要有人，小鼠，大鼠，小麦等）的几千甚至上万个cDNA(或一段与cDNA互补的oligo片段）点在芯片上。这些基因的选择一般都是相对随机的。 我所知道的在上海有上海生物芯片公司，其他还有上海博星等。

SNP检测芯片主要针对某个SNP位点设计两个oligo探针（这两个探针在SNP位点的序列不同。所以不同的SNP类型，就可以和不同的探针结合，从而检测到不同的SNP类型。当然，一张芯片上如果点了不同位点的探针就可以同时检测许多位点的SNP。

致病菌检测芯片就是用致病菌上的特异性DNA作为探针来检测待检样品中是否有致病菌的DNA，从而判断待检品中是否有致病菌。