SNP位点信息已知的情况下, 选择SNP的GENOTYPING的方法,主要根据你的经费情况设计,我分别给你分析一下现状: A、一般实验室: 经费一般, 仪器不具备时, 最多用的是以下两种方法: 1、 基于PCR的方法,也叫AS-PCR, (ALLELE-SPECIFIC PCR)的办法,论坛里这方面的东西不少,特别是在遗传发育版面应该很多。 主要原理是利用引物在扩增时3'端相对高的BASE要求,进行设计。这个方法是最便宜的, 不需要酶切, 一次PCR就可以得到GENOTYPING的信息。 2、基于酶切分型。 依靠限制性内切酶的忠贞性进行单SNP的分型。 SNP突变与否, 可能影响某个酶识别位点的存在或消失。 通过酶切产物的电泳条带,判断SNP的突变的情况, 即纯和, 野生纯和,和杂和子。 B、有经费的实验室的方法: 这里我写几个自己曾经涉足过的方法,可行性比较强, 但是需要相应的经费支持和相应的仪器,但是通量相对更高, 效率更好: 1、直接测序, 基于PCR产物的直接sequencing的方法, 比对序列结果, 就可以进行SNP的识别和分析。 2、分型质谱, 华大生物信息平台那边可以外接服务, 提供PCR产物即可。 3、pyro-sequencing, 微测序, 中科院遗传所 王沥研究员那里有可以联系的外接服务。 4、D-HPLC, 变性高效液相色谱法。 北京可以去联系做的地方不少, 北京大学生科院有机器, 另外北京大学肿瘤研究所也有机器, 国家人类基因组陈标那里也有一台, 需要做的话, 拿着经费和他们联系就可以, 这个方法也很不错, 价钱可以商量。 5、还有些方法,如DNA芯片技术适合对于large scale 的SNP的筛查, 一般用于组学领域, 可能不适用与您的情况。 还有许多如荧光共振能量转移等方法/探针杂交法等,并未在本领域中国内推广, 就不一一介绍了。 |
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