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简单序列长度多态性(SSLP)和间简单序列重复(ISSR)

标签: SSLP ISSR

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简单序列长度多态性(simple sequence length polymorphism,SSLP)是据串联重复排列微卫星基序两侧的单一序列设计引物,对微卫星序列(microsatellite DNA 或simple sequence repeats,SSR)进行扩增,由微卫星基序重复数目的变异而产生多态性。由于中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列,因而可以将微卫星侧翼的DNA 片段、测序 ,然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增,从而将单个微卫星位点扩增出来。

由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异,个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性,这一多态性称为SSLP,每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。SSLP是一些长度不等的重复序列、有多个等位基因位点,它们多为2-4个核苷酸序列重复(也叫微卫星标记),在不同动植物品系中其重复次数不同,故可用PCR法来检测各该多态性序列的长度,从而快速测定出多种回交后代中标记物的分离方式。

由于微卫星标记在中广泛分布,等位性变异丰富,检测手段简便,稳定可靠而受重视,但是微卫星标记要求已知微卫星两侧单一序列信息而使其发展受到限制,同时微卫星标记具有严格的种属特异性也使其应用上受到限制。

间简单序列重复(inter-simple sequence repeats,ISSR)是近年发展起来的一类新型分子标记技术,它是根据基因组内广泛存在的微卫星基序设计单一引物,对基因组DNA 进行扩增,扩增的指纹图可以同时提供基因组内多个位点的序列信息。ISSR标记是根据微卫星基序设计单一通用引物对DNA 进行扩增而获得扩增指纹图,它在保留了SSLP标记的优点的同时,有效地克服了SSLP标记中的设计困难的缺点,可望更好地用于作物分类进化,基因定位和基因的分子标记辅助选择研究。

Akagi等用UBC-835对水稻包台型细胞质雄性不育系MTC-10A和其近等基因系MTC-10R进行扩增时发现指纹图具多态性,连锁分析表明多态性片段与包台型细胞质雄性不育恢复基因Rf-1的遗传距离为3.7±1.1 cM,且定位于第10号染色体的长臂上。本研究指在用UBC-835对野败型细胞质雄性不育系珍汕97A和其强恢复系IR24进行扩增,并进行SSLP和ISSP的标记分析。

ISSR标记是据基因组中广泛存在的微卫星序列设计通用引物对基因组DNA 进行PCR扩增,引物可以是微卫星基序本身或微卫星基序重复引物3′或5′加上2-4个锚定碱基。ISSR标记和SSLP标记都是检测中微卫星序列变异,由于微卫星序列不具有结构基因的功能,而且重复单元的重复次数的改变对整个生物体而言是微小的变异,所以在生物长期进化过程中积累了丰富的微卫星变异,这就决定ISSR标记和SSLP标记的较高多态性水平。ISSR标记在具备较高多态性水平的情况下克服了SSLP标记设计较困难的缺点,可望更好地用于基因定位研究。ISSR比AFLP具有更高的多态性比率。SSLP标记比RAPD标记更能提示遗传材料间多样性。

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