用牙签从琼脂培养基上挑取的菌落可直接用于制备质粒DNA。所得的闭合环状DNA往往杂质太多，不能作为大多数限制酶的底物。但是，牙签法也有很多用途，例如，它可用来鉴定转化后含重组质粒的克隆，用来估计转化子中质粒的大小，用来比较在相同宿主中不同质粒拷贝数的多少。待测重组子中插入的片段的性质可用Southern杂交及聚合酶链反应（PCR）加以确定。

以下介绍的简单操作方法是Barns修订的方法（1977），它对于大菌落（直径2～3mm）很有效，而且所获DNA的量足够琼脂糖电泳时一个泳道的上样量。