定位克隆（positoinal cloning），又称图位克隆（map-based clonig），1986年首先由剑桥大学的Alan Coulson提出。用该方法分离基因是根据功能基因在基因组中都有相对较稳定的基因座，在利用分离群体的遗传连锁分析或染色体异常将基因伫到染色体的1个具体位置的基础上，通过构建高密度的分子连锁图，找到与目的基因紧密连锁的分子标记，不断缩小候选区域进而克隆该基因，并单明其功能和疾病的生化机制。

定位克隆技术主要包括以下6个步骤：

1.筛选与目标基因连锁的分子标记。利用目标基因的近等基因系或分离群体分组分析法（BSA）进行连锁分析，筛选出目标基因所在局部区域的分子标记。

2.构建并筛选含有大插入片段的基因组文库。常用的载体有柯斯质粒（cosmid），酵母人工染色体（YAC）以及P1，BAC，PAC等几种以细菌为寄主的载体系统。用与目标基因连锁的分子标记为探针筛选基因组文库，得到阳性克隆。

3.构建目的基因区域跨叠克隆群（contig）。以阳性克隆的末端作为探针基因组文库，并进行染色体步行，直到获得具有目标基因两侧分子标记的大片段跨叠群。

4.目的基因区域的精细作图。通过整合已有的遗传图谱和寻找新的分子标记，提高目的基因区域遗传图谱和物理图谱的密谱的密度。

5.目的基因的精细定位和染色体登陆。利用侧翼分子标记分析和混合样品作图精确定位目的基因。接着以目标基因两侧的分子标记为探针通过染色体登陆获得含目标基因的阳性克隆。

6.外显子的分离、鉴定。阳性克隆中可能含有多个候选基因。用筛选cDNA文库，外是子捕捉和cDNA直选法等技术找到这些候选基因，再进行共分离，时空表达特点，同源性比较等分析确定目标基因。当然，最直接的证明是进行功能互补实验。