原理: 此技术建立于PCR基础之上,使用一系列具有10个左右碱基的单链随机引物,对基因组的DNA全部进行PCR扩增,以检测多态性。由于整个基因组存在众多反向重复序列,因此须对每一随机引物单独进行PCR。 单一引物与反向重复序列结合。 使重复序列之间的区域得以扩增。 引物结合位点DNA序列的改变以及两扩增位点之间DNA碱基的缺失、插入或置换均可导致扩增片段数目和长度的差异,经聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶电泳分离后通过EB染色以检测DNA片段的多态性。 原理示意图: 若位点2处碱基发生改变,则 技术路线 RAPD的缺点: RAPD图谱中某些弱带重复性较差,而且目前该法在引物长度和序列及应用的引物数目、扩增反应条件等实验技术方面未标准化,影响了不同条件下结果的可比性;每个标记含有的信息量小;有假阳性或假阴性结果;显性标记,无法区分从一个位点扩增的DNA片段是纯合的还是杂合的,无法进行等位基因分析。用在种以上类群间的比较时无法得到可靠的遗传距离。 |
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