问：本人现在的课题为扩增一段基因组DNA，产物直接测序。反向测序第100个碱基处为杂合子T/G，正向测序对应位置为A。重新扩增送样后测序结果相同。请问这种情况下可否判断第100个碱基处存在突变？如存在突变，为何两次正向测序结果均无突变？

答：确实很困惑，2次测序的结果应该都是可信的，关键是那个图1的G，在图2中应该同时表现为C。

1、你可以在EGP数据库或者NCBI中检索，看该位点是否有SNP，如无，可判为无SNP；

2、或者你可以多测几个样本，20个吧，再观察结果。

答：这次测序结果对于判断SNP不可靠，因为基线噪音太高，导致结果不可信。但是反复看你第一次的结果，我觉得可以报告为杂合子，图2 的目的C峰前有一A峰，刚好对应反向测序的T峰。我觉得第一次的结果可以说是A/C或者T/G多态。判断的前提是看你的基础噪音，你图1可能有点高的噪音，可是你正向即图2应该很可靠的结果，至于为什么有向前漂移了一点距离，那可能和序列有关系。

答：以我的经验也可以判断此为杂合子，反向中T，G的峰均比背景峰高很多，且两个峰高一致，大致为其他峰的一半。正向中在此位置出现一个C/A，C峰是由于两侧的C峰所影响的，而且C，A的峰也高出背景峰很多，两个峰高一致，大致为其他峰的一半。PCR产物测序结果远不如克隆测序，以克隆测序结果为主。