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核酸酶是指作用于核酸的磷酸二酯键的酶。

依据底物不同分类：
DNA酶(deoxyribonuclease, DNase)：专一降解DNA
RNA酶 (ribonuclease, RNase)：专一降解RNA
依据切割部位不同：
  核酸内切酶：分为限制性核酸内切酶和非特异性限制性核酸内切酶。
  限制性内切酶：在细菌细胞内存在的一类能识别并水解外源双链DNA的核酸内切酶，可用于特异切割DNA，常作为工具酶。
  核酸外切酶：5´→3´或3´→5´核酸外切酶

生物体内的核酸酶负责细胞内外催化核酸的降解。

参与DNA的合成与修复及RNA合成后的剪接等重要基因复制和基因表达过程。
负责清除多余的、结构和功能异常的核酸，同时也可以清除侵入细胞的外源性核酸 。
在消化液中降解食物中的核酸以利吸收 。
体外重组DNA技术中的重要工具酶 。