菌类与藻类植物一样，都没有根、茎、叶的分化。但菌类又与藻类不同，因其不含光合作用色素，不能进行光合作用，所以菌类的营养方式是异养的。菌类的异养生活方式有腐生、寄生、共生等多种，多数种类营腐生生活。凡从活的动植物体上吸取养分的叫寄生；凡从死的动植物体上或其他无生命的有机物中吸取养分的叫腐生；凡从活有机体取得养分同时又提供该活体有利的生活条件，彼此间互相受益，互相依赖的叫共生。
    菌类由于生活方式的多样性，所以它们的分布也就非常广泛。在土壤中、水里、 气中、人和动植物体里都有它们的踪迹，广布于全世界。它们的种类也极为繁多。在分类上林奈(Linnaeus)把生物界划分为动物界和植物界的二界系统，一直被广泛采用。魏泰克(Whittaker)于1969年提出五界系统，即划分为原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界和动物界。在两界系统中，菌类包括细菌门、粘菌门和真菌门。在五界系统中，真菌界包括粘菌门和真菌门。细菌是微小的单细胞有机体，有细胞壁，没有细胞核，与蓝藻相似，均为原核生物，故归入原核生物界。细菌门已在微生物学中介绍，粘菌与医药关系不大，故本节只介绍真菌门(Eumycota)。

真菌有真正细胞核，没有叶绿素，它们一般都能进行有性和无性繁殖，能产生孢子，它们的营养体通常是丝状的且有分枝的结构，具有几丁质或纤维素的细胞壁。并且常常是进行吸收营养的生物。真菌不含光合作用色素，不能进行光合作用制造养料，所以真菌是异养的，其营养方式有寄生、腐生、共生3种。
真菌的营养体除少数种类为单细胞外，绝大多数是由分枝或不分枝，有隔或无隔的丝状体组成，每一条丝状体叫菌丝，菌丝管状，直径一般在10μm以下。低等真菌的菌丝通常不具横隔壁，称无隔菌丝，这种菌丝实为一个多核的管状的大细胞。高等真菌的菌丝都有横隔，把菌丝分成许多细胞，称有隔菌丝，每个细胞有1、2或几个核。隔膜上有小孔，使细胞与细胞间的原生质能相互流通，有时核亦可穿过小孔。菌丝由孢子萌发产生芽管形成的，亦可由小段菌丝生长成新菌丝。
    菌丝在正常的生活条件下，一般是很疏松的，但在环境条件不良或繁殖时，许多菌丝聚集在一起形成各种不同的菌丝组织体，简称菌丝体。若菌丝平行结合在一起，外面被以菌鞘，称菌索，如蜜环菌索；若菌丝纵横交织在一起，形成颜色深、质地坚硬的核状体，称菌核，如茯苓、猪苓、雷丸、麦角等；生殖时期形成能产生孢子的菌丝体，称子实体，如蘑菇、木耳、银耳等；有的形成子座(容纳子实体的坐垫状结构)，如冬虫夏草的“红头紫柄”。
    大多数真菌细胞壁的化学成分由几丁质组成，部分低等真菌的细胞壁是由纤维素组成的。菌丝细胞内含有原生质、细胞核、液泡、贮存油脂、肝糖等养分。原生质一般是透明无色的，所以真菌的菌丝大部分是无色的，有些菌丝细胞原生质含有色素，而使菌丝呈现各种不同颜色，但这些色素非光合作用色素。
    真菌的繁殖方式有营养繁殖、无性繁殖和有性繁殖三种。
    营养繁殖常见的如菌丝断裂，菌丝的再生力很强，断裂后在适宜的条件下发展成新个体。
无性繁殖是由各种无性孢子来完成的，如芽孢子、厚垣孢子、粉孢子、游动孢子、孢囊孢子、分生孢子。这些无性孢子在适宜的条件下萌发形成芽管，芽管又继续生长而形成新的菌丝体。
有性生殖是很复杂的，方式是多样的，是通过不同性细胞的结合后产生一定形态的有性孢子来实现的。其过程分为质配、核配、减数分裂三个阶段。第一阶段是质配，由两个带核的原生质相互结合为一个细胞；第二阶段是核配，由质配带入同一细胞内的两个细胞核融合。在低等真菌中，质配后立即进行核配。但在高等真菌中，双核期很长，要持续相当长的时间才发生细胞核的融合；第三阶段是减数分裂，重新使染色体数目减为单倍体，形成四个单倍体的核，产生4个有性孢子。真菌的有性生殖有逐渐简化的趋势，从形成配子发展到不形成配子，从形成性器官发展到不形成性器官，当进化到高等担子菌时，其性器官大都退化，以营养菌丝的结合来兼行有性生殖，这种简化现象，说明它们对寄生和腐生生活的高度适应性。
    真菌通过有性生殖形成有性孢子，再由有性孢子发展成新个体。真菌的有性孢子有：接合子、卵孢子、接合孢子、子囊孢子、担孢子。
高等真菌的有性孢子，一般容纳在子实体中，就象高等植物中的种子植物的种子在果实里一样。子实体也有很多类型、形状和大小极其悬殊。子囊菌的子实体称为子囊果，担子菌的子实体称为担子果。
真菌是一群数目庞大的生物类群，分布非常广泛，从热带到寒带，从大气层到水流，从沙漠、淤泥到冰川地带的土壤，从动植物的活体到它们的残体均有真菌的踪迹。

    真菌有11255属，10万种，我国已知约有1万种，已知药用真菌有272种。本教材采用安斯沃滋(Ainsworth 1971．73)系统，将真菌分为五个亚门，即鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门、半知菌亚门。药用真菌以子囊菌亚门和担子菌亚门为多见。
    1．子囊菌亚门Ascomycotina
子囊菌亚门是真菌中种类最多的一个亚门，全世界有2720属，28000多种，除少数低等子囊菌为单细胞(如酶母菌)，绝大多数有发达的菌丝，菌丝具有横隔，并紧密结合在一起，形成一定结构。子囊菌的无性生殖特别发达，有裂殖、芽殖、或形成各种孢子，如分生孢子、厚垣孢子等。有性生殖产生子囊，内生子囊孢子，这是子囊菌亚门的最主要的特征，除少数原始种类，子囊裸露不形成子实体外(如酶母菌)。绝大多数子囊菌都产生子实体，子囊包于子实体内。子囊菌的子实体又称子囊果。子囊果的形态是子囊菌分类的重要依据。常见的有三种类型，即子囊盘，子囊果盘状、杯状或碗状。子囊盘中有许多子囊和侧丝(不孕菌丝)垂直排列在一起，形成子实层。子实层完全暴露在外面，如盘菌类。
闭囊壳：子囊果完全闭合成球形，无开口，待其破裂后子囊及子囊孢子才能散出，如白粉科的子囊果。
    子囊壳：子囊果呈瓶状或囊状，先端开口，这一类子囊果多埋生于子座内，如麦角、冬虫夏草。
    [代表药用植物]
    麦角菌Claviceps purpurea (Fr．)Tul．属于麦角菌科。寄生在禾本科麦类植物的子房内，菌核形成时露出子房外，呈紫黑色，质较坚硬，形如动物角状，故称麦角。菌核圆柱状至角状，稍弯曲，一般长1~2cm，直径3～4mm，干后变硬，质脆，表面呈紫黑色或紫棕色，内部近白色，近表面外为暗紫色；子座20～30个从一菌核内生出，下有一很细的柄，多弯曲，白至暗褐色，顶端头部近球形，直径约1—2mm，红褐色；显微镜下观察，子囊壳整个埋生于子座头部内，只孔口稍突出，烧瓶状，子囊及侧丝均产生于子囊壳内，很长，呈圆柱状；每子囊含子囊孢子8个，丝状，单细胞，透明无色。孢子散出后，借助于气流、雨水或昆虫传播到麦穗上，萌发成芽管，侵入子房，长出菌丝，菌丝充满子房而发出极多的分生孢子，再传播到其他麦穗上。菌丝体继续生长，最后不再产生分生孢子，形成紧密坚硬紫黑色的菌核即麦角。
    黑麦的麦角菌分布于河北、内蒙古、黑龙江、吉林、辽宁；野麦的麦角菌分布于河北、山西、内蒙古；大麦和小麦的麦角菌见于安徽；冰草的麦角见于江苏、浙江、湖北；燕麦的麦角菌分布于青海。菌核（麦角）能使子宫收缩。
    冬虫夏草Cordyceps sinensis (Berk．)Sacc．属于麦角菌科。子座(即所谓“草”的部分)单个(稀2～3个)，从寄主(即所谓“虫”的部分，这时已成为菌核)前端发出，长4～1lcm，基部直径
1．5-4mm，向上渐狭细，头部不膨大或膨大成近圆柱形，褐色，初期内部充塞，后变中空，长1～
4．5cra，直径2．5～6mm(不包括长1．5—5．5mm的不孕性顶端)；显微镜下观察，子囊壳近表面生，基部稍陷于子座内，椭圆形至卵圆形，子囊多数生在子囊壳内，细长，每子囊内含有具多数横隔的子囊孢子2枚。子囊孢子成熟后由子囊散出，断裂成若干小段，然后产生芽管(或从分生孢子产生芽管)穿人幼虫(蝙蝠蛾科昆虫)体内，染病幼虫钻入土中，病原割裂成圆柱状的细胞，进入血循环系
统，并以酵母状出芽法增加体积，直至幼虫死亡。这时出现了菌丝体，并在冬季形成菌核。菌核的发育，毁坏了幼虫的内部器官，但其角皮却保持完好。夏季，从幼虫(实际上已成了菌核)尸体的前端产生出子座。主产于我国西南、西北。分布于海拔3000m以上的高山草甸区。子实体、子座及菌核合称虫草，能补肺益肾，止血化痰(图10-3)。
    据统计虫草属(Cordyceps)有130多种，我国有20多种，其中亚香棒菌C.hawkesii Gray．、蛹草菌C．militaris(L．)Link．等有与冬虫夏草相似的疗效。蝉花菌C．sobolifera (Hill．)Berk．et Br．能清热祛风，镇惊明目。
      2．担子菌亚门 Basidiomycotina
    担子菌是真菌中最高等的一个亚门，已知有1100属，16000余种。都是由多细胞的菌丝体组成的有机体，菌丝均具横隔膜。多数担子菌的菌丝体，可区分为三种类型，由担孢子萌发形成具有单核的菌丝，叫初生菌丝；初生菌丝接合进行质配，核不配合，而保持双核状态，叫次生菌丝，次生菌丝双核时期相当长，这是担子菌的特点之一，主要行营养功能；三生菌丝是组织特化的特殊菌丝，也是双核的，它常集结成特殊形状的子实体。担子菌最大特点是形成担子、担孢子。在形成担子和担孢子的过程中，菌丝顶细胞壁上伸出一个喙状突起，向下弯曲，形成一种特殊的结构，叫做锁状连合，在此过程中，细胞内二核经过一系列变化由分裂到融合，形成一个二倍体的核，此核经减数分裂，形成了四个单倍体的子核。这时顶端细胞膨大成为担子，担子上生出4个小梗，于是4个小核分别移人小梗内，发育成4个担孢子。产生担孢子的复杂结构的菌丝体叫担子果，就是担子菌的子实体。其形态、大小，颜色各不相同，如伞状、耳状、菊花状、笋状、球状等。
  担子菌除少数种类有无性繁殖外，大多数在自然条件下无无性繁殖。其无性繁殖是通过芽殖、菌丝断裂等类型产生的分生孢子。
担子菌亚门分为4个纲，即层菌纲Hymenomycetes，如银耳、木耳、蘑菇、灵芝等；腹菌纲Gasteromycetes，如马勃、鬼笔等；锈菌纲Urediniomycetes和黑粉菌纲Ustilaginomycetes。
[代表药用植物]
    银耳Tremella  fuciformis Berk．银耳科。是一种腐生菌。子实体纯白色，胶质，半透明，直径5～l0cm，由许多瓣片组成，呈菊花状或鸡冠状，干燥后呈淡黄色；在子实体瓣片的上下表面，均覆盖着子实层；子实层由无数的担子(深埋于子实体表层内，也称为下担子)所组成。野生分布于福建、四川、贵州、浙江等省，现在不少省份均有人工栽培。子实体（银耳）能滋阴、养胃、润肺、生津、益气和血、补脑强心，是一种营养丰富的滋补品。
    猴头菌Hericium erinaceus (Bull．ex Fr．)Pers．齿菌科。是一种腐生菌。子实体形状似猴子的头，故名猴头，新鲜时白色，干燥后变为淡褐色，块状，直径3．5一l0cm，基部狭窄；除基部外，均密布以肉质、针状的刺，刺发达下垂，刺表布以子实层。显微镜下观察，孢子近球形，透明无色，壁表平滑。子实体（猴头菌）能利五脏，助消化，滋补。
    茯苓Poria cocos (Schw．)Wolf．属多孔菌科。菌核呈球形、长圆形、卵圆形或不规则状，大小不一，小的如拳头，大的可达数十斤，新鲜时较软，干燥后坚硬，表面有深褐色、多皱的皮壳，同一块菌核内部，可能部分呈白色，部分呈淡红色，粉粒状；子实体平伏地产生在菌核表面，厚3—8mm，白色，老熟干燥后变为淡褐色;管口多角形至不规则形，深2～3mm，直径0．5～2mm，孔壁薄，边缘渐变成齿状。显微镜下观察，孢子长方形至近圆柱状，有一斜尖，壁表平滑，透明无色。全国不少省份有分布，但以安徽、云南、湖北、河南、广东等省分布最多。现多人工栽培。茯苓属于腐生菌。生于马尾松、黄山松、赤松、云南松等松属植物的根际。菌核（茯苓）能利水渗湿，健脾、安神。
    猪苓Polyporus umbellatus (Pers．)Fr．属于多孔菌科。菌核呈长形块状或不规则球形，稍扁，有的分枝如姜状，表面灰黑或黑色，凹凸不平，有皱纹或瘤状突起，干燥后坚而不实，断面呈白色至淡褐色，半木质化，质较轻；子实体从埋于地下的菌核内生出，后长出地面；菌柄往往于基部相连或大量分枝，形成一大丛菌盖，菌盖肉质，干燥后坚硬而脆，圆形，中央呈脐状，表面近白色至淡褐色，边缘薄而锐，且常常内卷；菌肉薄，白色；菌管与菌肉同色，与菌柄呈延生；管口圆形至多角形。显微镜下观察，担孢子卵圆形，透明无色，壁表平滑。主产于山西、河北、河南、云南等省。猪苓属于腐生菌。生于枫、槭、柞、桦、柳、椴以及山毛榉科树木的根际。现已人工栽培。菌核（猪苓）能利水渗湿。猪苓多糖有抗癌作用，药理证明猪苓还有抗辐射的作用。
   

Karst.属多孔菌科。为腐生真菌。菌盖木栓质，半圆形或肾形，初生为淡黄色，后成红褐、红紫或暗紫色，具有一层漆状光泽，有环状棱纹及辐射状皱纹，大小及形状变化很大，下面有无数小孔，管口呈白色或淡褐色，管孔圆形，内壁为子实层，孢子产生于担子顶端。显微镜下观察，孢子呈卵圆形，壁有两层，内壁褐色，表面布以无数小疣，外壁透明无色；菌柄侧生，极稀偏生，长度通常长于菌盖的长径，紫褐色至黑色，有一层漆状光泽，中空或中实，坚硬。我国多数省区有分布，生于林内阔叶树的木桩上。现多人工栽培。子实体（灵芝）能滋补，健脑，强壮，消炎，利尿，益胃。
脱皮马勃Lasiosphaera fenzlii Reich．属于马勃科。为腐生真菌。子实体近球形至长圆形，直径15～20cm，无不孕基部；包被两层，薄而易于消失，外包被成碎片状与内包被脱离，内包被纸质，浅烟色，成熟后全部消失，仅遗留下一团孢体，随风滚动；孢体紧密，有弹性，灰褐色，后渐褪为浅烟色；孢丝长，互相交织，有分枝，浅褐色。显微镜下观察，孢子呈球形，壁表面布以小刺，褐色。分布于安徽、湖北、湖南、甘肃、新疆、贵州、四川等地。夏秋两季发生在草地上。子实体（马勃）能清肺，消肿，止血，利喉，解毒。
    雷丸Polyporus mylittae Cook．et Mass．属多孔菌科。菌核呈不规则球状或块状，大小不一，直径1～3．5cm，表面呈褐色、紫褐色至暗黑色，稍平滑或有细皱纹，干燥后坚硬，有时在凹处具有一束菌索；断面呈白色至灰白色，有时呈橙褐色，薄切片呈半透明状。分布于安徽、浙江、福建、河南、湖北、湖南、广西、陕西、甘肃、四川、云南、贵州等省。春、秋、冬三季在发黄且开花的竹根下面挖掘。菌核（雷丸）能消积，杀虫，除热。
担子菌亚门入药的还有：木耳Auricularia auricula (L．ex Hook．)Underw．子实体（木耳）能补气益血，润肺止血，活血，止痛；紫芝Ganoderma  japonicum(Fr．)Lloyd．子实体作灵芝用；云芝Polysticus versicolor (L．)Fr.子实体入药，能清热，消炎，云芝多糖有抗癌活性；大马勃Calvatia gigantean (Batsch ex Pers．)Lloyd．子实体（马勃）能消肿，止血，清肺，利咽，解毒。
    真菌入药，在我国有悠久的历史，随着医药卫生事业的发展，国内外对真菌抗癌药物进行了大量的筛选与研究，发现真菌的抗癌作用机理不同于细胞类毒素药物的直接杀伤作用，而是通过提高机体免疫能力，增加巨噬细胞的吞噬能力，产生对癌细胞的抵抗力，从而达到间接抑制肿瘤的目的。自然界的真菌种类繁多，这有利于我们今后寻找新的药用菌资源。